除了傳承原本一貫的世界架構(gòu)之外，還加入了古籍《山海經(jīng)》作為新的故事背景。　游戲本作的主角名為陸承軒（實為昊天塔轉(zhuǎn)世），從小便擁有著強大的力量，可是不懂得控制，被周圍的人當(dāng)成怪物般的看待，導(dǎo)致有著缺乏自信、猶疑且不輕易吐露心聲的性格。女主角夏柔（實為東皇鐘轉(zhuǎn)世）是名體內(nèi)蘊藏有相當(dāng)強的靈力的少女，個性溫柔嫻靜，聰慧堅強，帶領(lǐng)著族人勇敢面對他族的侵略。

除了傳承原本一貫的世界架構(gòu)之外，還加入了古籍《山海經(jīng)》作為新的故事背景。山海經(jīng)是中國許多神話故事的源頭，也是最古老的地理人文志，敘述遠古時代中國境內(nèi)各種不同的種族與地理環(huán)境，包含了龐大豐富的神秘奇幻要素，其中收錄的許多種族與國家都會在游戲中出場。軒轅劍系列的重要角色皇甫暮云在本作中首次登場，他的真實身份為軒轅劍轉(zhuǎn)世，本作最重要的故事情節(jié)就是以他為暗線來展開的（但要收集齊28顆星曜石，進入隱藏結(jié)局才會完整地交代出這個故事。因而有人說沒玩隱藏結(jié)局就等于沒玩軒轅劍5，從劇情的角度來說這并不為過）。在隱藏結(jié)局中，完整地交代了黃帝與天女的凄美故事以及軒轅劍的來歷，可以說，對于完善軒轅劍系列的劇情與故事架構(gòu)，本作是相當(dāng)重要的。隱藏結(jié)局中身為軒轅劍轉(zhuǎn)世的皇甫暮云為將劍身上的文字顯示給天女看而自盡。

游戲本作的主角名為陸承軒（實為昊天塔轉(zhuǎn)世），從小便擁有著強大的力量，可是不懂得控制，被周圍的人當(dāng)成怪物般的看待，導(dǎo)致有著缺乏自信、猶疑且不輕易吐露心聲的性格。女主角夏柔（實為東皇鐘轉(zhuǎn)世）是名體內(nèi)蘊藏有相當(dāng)強的靈力的少女，個性溫柔嫻靜，聰慧堅強，帶領(lǐng)著族人勇敢面對他族的侵略。